Počeci Teologije u Rijeci kao područnog studija katoličkog bogoslovnog fakulteta, sveučilišta u Zagrebu, sežu u 17. stoljeće, kada su na Rijeci oci isusovci osnovali najprije gimnaziju (1627), potom teologiju (1632), a zatim i filozofiju (1725). Te su škole posjećivali pitomci iz šire okolice Rijeke, a teologiju, u prvom redu moralnu kazuistiku, slušali su i mnogi članovi gradskog klera. Nakon nekoliko naizmjeničnih prekida predavanja teologije i ponovnih započimanja, posljednji put se to događalo u 18. stoljeću, isusovci predaju teologiju od 1728. sve do 1773., kada je isusovački red ukinut. Kontinuitet predavanja teologije biva prekinut za 170 godina. Prestaju i predavanja filozofije, a svoje djelovanje nastavlja samo gimnazija.
S vremenom postajala je sve naglašenija potreba za jednim teološkim učilištem. Tako, na zamolbu biskupa Ježića, kralj Franjo I. dozvoljava, 20. studenoga 1804., da se dokinuti franjevački samostan u Senju upotrijebi za sjemenište i teološku školu, što je i ostvareno 1. studenog 1806. Ovo je sjemenište odgojilo brojne svećenike te kulturno-prosvjetne i političke djelatnike. Zatvoreno je pred drugi svjetski rat. Za sve to vrijeme Rijeka je ostala crkvena periferija, a razloge valja tražiti u političkim previranjima, u kojima su, osim onih hrvatskih, postojali jaki talijanski i mađarski utjecaji.
Nakon prvog svjetskog rata kad je Rijeka pripojena Italiji htjelo se u njoj učiniti uporište talijanstva, pa su osnovani najprije biskupija (1925), a potom i sjemenište (srednja škola, 1926), dok su studenti bogoslovije slani u talijanske teološke škole.
Pripojenjem Hrvatskoj, nakon drugog svjetskog rata, Rijeka polako postaje središte crkvenog života širokih katoličkih prostora. Istarsko svećenstvo, predvođeno Božom Milanovićem, zalaže se da se u Rijeci otvori bogoslovija, što nailazi na svesrdno odobravanje u ostale dvije biskupije, senjsko-modruškoj i krčkoj. Uz pomoć hrvatske Vlade u Zagrebu, senjsko-modruški biskup dr. Viktor Burić mogao je 15. listopada 1947. otvoriti sjemenište i Visoku teološku školu u Rijeci. Potreba jedne takve škole u središtu kakvo je bila Rijeka više je nego očita, ne samo iz vjerskih nego i iz nacionalnih razloga. Zbog širenja zdravog nacionalnog osjećaja, vlasti nisu mogle dugo trpjeti postojanje škole te nakon namještenog procesa 1955. zatvaraju Školu i sjemenište, kako u Rijeci tako i u Splitu. Škola seli u Biskupsko sjemenište u Pazin gdje nastavlja s radom. Tek 1966. godine slijedi povratak u Rijeku koja je u međuvremenu postala središte cijele regije, u najširem smislu riječi. Istinsko crkveno središte postaje 1969. godine osnutkom nadbiskupije riječko-senjske i metropolije sa sjedištem u Rijeci.
Naša Teologija je 17. rujna 1988. afilirana Katoličkom bogoslovnom fakultetu u Zagrebu. I njegov je područni studij, sa svim pravima i obvezama koje iz toga proistječu. Studenti imaju pravo na diplomu Fakulteta, a sada, kada je Fakultet u sastavu Sveučilišta u Zagrebu i na diplomu tog Sveučilišta. Visoka bogoslovska škola u Rijeci izdavala je svoje diplome sve do 1995. kada je promijenila ime i postala: Teologija u Rijeci - područni studij Katoličkog bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Studij traje pet godina i donosi profil diplomiranog teologa VSS-sprema. (VII/I stupanja studija).